The Evidence Layer for Scientific AI

 Quick Analysis Plan Copied

 Long Analysis Plan

Plan de bioinformática/código: Terminación de la transcripción y enzimas

Conclusión primero: el análisis debe centrarse en dos capas de evidencia: (a) la cinética co-transcripcional del plegamiento del hairpin de terminación (TH), que la polimerasa restringe hasta h+7/h+8 nt aguas abajo Cinética del hairpin en el EC de E. coli, y (b) el reconocimiento computacional de terminadores intrínsecos a escala genómica TransTermHP en 343 genomas.

Fase 1 — Detección de terminadores (genómica)

• Ejecutar TransTermHP (C++ disponible) sobre genomas objetivo para puntuar candidatos Rho-independientes por verosimilitud no-aleatoria Código y predicciones TransTermHP.
• Complementar con un barrido tipo RNAMOTIF (tallo ≥12 pb, bucle 5–100 nt) y cálculo ΔG con efn2/mfold; contrastar contra secuencias aleatorizadas preservando composición k-let para descartar falsos positivos Encuesta genómica de stem-loops (SLS-DB).

Fase 2 — Cinética co-transcripcional del hairpin (modelado)

La sonda RNase T1 muestra un patrón escalonado de protección de guaninas del brazo izquierdo: G1 pasa de clivada (ECh+2 a +6) a protegida en ECh+8, con el TH parcial en h+7. Modelar este retraso con simulaciones de plegamiento co-transcripcional (contraste termodinámico vs. restricción del EC) y validar contra la eficiencia de terminación medida: read-through del 17% en tR2/T vs. 52% en tR2/T/long a 100 µM NTPs Eficiencia de terminación por contexto.

Fase 3 — Enzimas asociadas al procesamiento del extremo 3'

• Análisis mecanístico de la ARN 3′-fosfato ciclasa de E. coli: His-309 como sitio de adenilación esencial; mutantes H309N/H309A abolienen la ciclización — útil para diseño/evaluación de enzimas de procesamiento de extremos RNA Ciclasa RNA: sitio de adenilación His-309.
• Datos históricos de liberación-reiniciación de la ARN polimerasa de E. coli bajo 0.2 M KCl (cadena promedio sin cambio, ~1900-4300 nt) como línea base para simulaciones de término-release Liberación y reiniciación con KCl (PNAS 1969).

Limitaciones clave: los datos TH provienen de sistemas in vitro con polimerasa inmovilizada y un solo terminador modelo (tR2 de lambda); las predicciones genómicas SLS no están validadas experimentalmente y dependen de umbrales arbitrarios; la revisión comparativa entre dominios advierte que los mecanismos difieren pero comparten principios (pausa + estabilidad del híbrido RNA:ADN) Revisión: temas comunes de terminación.